Pochodzenie beagle spowite jest mgiełką niejasności. Niektórzy znawcy sądzą, że rasa wywodzi się z Grecji, skąd została przeniesiona do Francji jako pies myśliwski na zająca, aby ostatecznie, w roku 1066 przybyć do Anglii z Wilhelmem Zdobwycą, gdzie, wieki później, w erze elżbietańskiej nastąpiło jej względne wyrównanie po skrzyżowaniu ze starymi angielskimi gończakami i harrierem. Inna teoria głosi, że już w czasach przedrzymskich w Anglii trzymane były sfory gończaków, na co dowodem ma być psiarnia księcia Walii, Pwylla, żyjącego za panowania króla Artura. Pwyll rzekomo posiadał białe psy gończe najwyższej jakości. Od nich miałyby się wywieść te wszystkie psy myśliwskie, których atutem jest niezawodny węch.
W czasie fazy rozwojowej rasy w XVI wieku wytworzono psy o dwóch wymiarach. Jedna odmiana miała wysokość co najwyżej 30,5 cm w kłębie, wzrost drugiej wynosił co najmniej tyle. Małe beagle cieszyły się szczególną sympatią królowej Elżbiety I. Ich szczekanie przypominało dźwięk dzwonków, a powodu niewielkich rozmiarów nazywano je "kieszonkowymi beagle", gdyż bez trudu mieściły się w kieszeni płaszcza myśliwskiego. Owe pieski były też zwane "Elizabeth beagles" na cześć królowej, która trzymała sforę psów tej rasy. Niestety, mały beagle nie przetrwały do czasów współczesnych. Duże beagle określano mianem "vaches" lub "buck hounds" i wykorzystywano je do polowań na jelenia. Z małymi beagle chodzono na zające.
W XIX wieku rasa zyskała dużą popularność dzięki sztychowi pewnego znanego artysty, który uwiecznił sforę wyborowych gończaków rasy beagle należących do pastor Honeywood z Essex. Psy pastora przypominały angielskie foxhoundy w miniaturowym wydaniu.
Nie wiadomo na pewno, kiedy beagle przybył do Stanów Zjednoczonych. Faktem jest, że znany był przed rokiem 1870 w stanach południowych USA. Jego szata była wówczas biała, z nielicznymi ciemnymi znaczeniami. Wyglądem przypominał basseta, jamnika, czy nawet rysunkowego bohatera - Snoopy'ego. Narodowy Klub Beagle (National Beagle Club), założony został w roku 1888.